La MRC Les Moulins est responsable de la réalisation du plan régional des milieux humides et hydriques (PRMHH) qui vise à intégrer la conservation et la compensation des cours d’eau, des milieux humides et des plaines inondables à la planification du territoire.

La MRC a aussi pour mandat la gestion des cours d’eau sur son territoire. Elle s’assure de la libre circulation des eaux dans les cours d’eau, lorsqu’il y a un risque pour la sécurité des biens et des personnes. Elle coordonne les différents dossiers liés à cette compétence et réalise des travaux d’entretien ainsi que d’aménagement dans les cours d’eau lorsque nécessaire.

La MRC coordonne aussi tous les projets environnementaux de nature régionale.